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Les génotypes
du virus de l'hépatite C : quels intérêts
en pratique ?
Philippe HALFON 1,
Guy CARTOUZOU 2,
Marc BOURLIÈRE 3
1 Laboratoire Alphabio, hôpital
Ambroise-Paré, 23, rue de Friedland,13006 Marseille.
2 Laboratoire de biochimie et biologie moléculaire,hôpital
la Conception, Marseille.
3 Service d'hépato-gastroentérologie, hôpital
Saint-Joseph, Marseille.
RESUME :
Depuis la découverte du virus de l'hépatite C en
1989, de nombreuses souches virales ont été isolées.
Ces différents isolats, de par leur diversité génétique,
sont à l'origine du concept de génotypes du VHC.
Une nomenclature standardisée et une classification en
six grands groupes de génotypes au moins, ainsi qu'en de
nombreux sous-types est établie. Différentes méthodes
de typage du VHC sont actuellement effectuées et sont comparées
à la méthode de référence qui est
le séquençage. Ces méthodes sont nombreuses
et plus ou moins informatives quant au nombre de types ou sous-types
mis en évidence. Elles sont basées soit sur la détection
d'acides nucléiques viraux, telles la RFLP (restriction
fragment lenght polymorphism), la PCR spécifique de type
et l'hybridation inverse avec des sondes spécifiques, soit
sur la détection d'anticorps sériques dirigés
contre des épitopes spécifiques (sérotypage).
Ces techniques ont permis de préciser la répartition
géographique des génotypes et d'apprécier
l'étendue de l'épidémie à travers
le monde. La répartition de ces génotypes est variable
selon les populations étudiées. Leurs implications
pratiques sont nombreuses. La façon dont ils modulent l'histoire
naturelle de la maladie reste à préciser. Par contre
le faible taux de réponse à l'interféron
des infections par le génotype 1b est bien établi.
Il semble ainsi logique de ne traiter par l'interféron
selon le schéma de l'AMM que les infections par les génotypes
non-1b et de ne traiter les infections par le génotype
1b, surtout en cas de forte virémie, que dans des essais
thérapeutiques ou de différer le traitement, surtout
en cas de lésions histologiques minimes, dans l'attente
des résultats d'études en cours sur les combinaisons
thérapeutiques.
Mots clés:génotypes, virus de l'hépatite
C, hépatite C, séquençage, sérotypes.
Le virus de l'hépatite C (VHC) est caractérisé
par la grande variabilité de son génome au même
titre que les virus à ARN simple brin, appartenant à
la famille des Flaviviridæ. Cette variabilité
a pu être appréhendée grâce à
l'essor des techniques de biologie moléculaire et à
leur application aux problèmes virologiques. Elle est à
l'origine des concepts de génotypes et de quasi-espèces,
qui découlent de la caractérisation et de la différenciation
des différents isolats viraux.
Différentes méthodes sont actuellement utilisées
pour distinguer les divers génotypes et sous-types du VHC.
Elles ont permis, depuis 1989, d'identifier au moins six génotypes
ainsi qu'un grand nombre de sous-types. Ces derniers sont à
l'origine d'une classification consensuelle internationale. Un
décalage existe cependant entre le nombre important de
souches du VHC découvertes et le rôle pathogène
précis des différents génotypes.
Le but de cette revue est de faire le point sur différents
aspects des génotypes tels que : les différentes
méthodes de leur détermination, leur répartition
géographique, leur prévalence respective selon le
mode de transmission, leur rôle dans l'histoire naturelle
de la maladie et leur influence sur la réponse au traitement
par l'interféron. Nous nous limiterons dans cette revue
à l'étude des génotypes à l'exclusion
de l'étude des quasi-espèces.
Position taxonomique du VHC
La taxonomie actuelle des virus qui distingue
cinq niveaux de hiérarchie (ordre, famille, sous-famille,
genre et espèce) est basée sur différents
critères liés au virion (taille, forme, symétrie
de la capside, présence ou non d'enveloppe...), liés
au génome viral (ADN ou ARN, simple brin ou double brin,
polarité positive ou négative), ou aux propriétés
physiques, biologiques ainsi qu'au mode de réplication
du virus [1]. Le génotype correspond à un niveau
de classification au sein de l'espèce basé sur un
pourcentage d'homologie de séquences nucléotidiques.
Le VHC est classé comme le troisième genre de la
famille des Flaviviridæ, dénommé hépacivirus,
du fait de l'éloignement par rapport aux deux autres genres
pestivirus et flavivirus. Tous les membres de cette famille ont
en commun un génome viral de type ARN à polarité
positive ainsi qu'une structure et une organisation génomique
similaires.
Le VHC a un diamètre de 50 à 60 nm et comporte une
enveloppe. Il contient un ARN monocaténaire de polarité
positive, d'environ 9,4 kilobases. La séquence nucléotidique
contient un cadre de lecture ouvert codant pour un précurseur
polypeptidique de 3 010 à 3 011 acides aminés [2].
La séquence du génome confirme que le VHC est génétiquement
distinct des flavivirus et des pestivirus. Une région 5'
terminale de 341 nucléotides (région 5' non codante)
précède la séquence codante composée
d'une région structurale et d'une région non structurale.
La région structurale code les protéines de la capside
et de l'enveloppe. La région non structurale est divisée
en cinq régions, de NS1 à NS5, codant différentes
protéines nécessaires à la réplication
et au processus de maturation virale. La région 5' terminale
représente la région la mieux conservée du
génome des différents isolats viraux étudiés,
ce qui suggère qu'elle doit jouer un rôle très
important dans l'initiation et la traduction de la polyprotéine
[3]. Cette région est le support de la recherche de l'ARN
viral du VHC par RT-PCR. A l'opposé, les régions
E1 et E2/NS1 du génome présentent un haut degré
de variabilité de séquence nucléotidique.
Deux régions hypervariables HVR1 et HVR2 sont présentes
dans la région E2/NS1 [3]. Une autre région non
codante se situe à l'extrémité 3' et comporte
une séquence polyA (figure 1). La séquence
nucléotidique complète d'au moins 6 isolats est
actuellement connue [4].
Définitions, classification et concept de génotypes
Depuis la découverte du virus de l'hépatite
C en 1989, de nombreux isolats ont été identifiés,
témoignant de la variabilité génétique
du virus et conduisant au concept de génotypes du virus
de l'hépatite C. Une nomenclature standardisée et
une classification de ces derniers en six grands groupes de génotypes
au moins, ainsi qu'en de nombreux sous-types sont établies
[5]. Cette classification est basée sur le séquençage
et la construction d'arbres phylogéniques à partir
de séquences complètes ou partielles de la région
de la capside, et des régions E1 et NS5 du génome
viral [6-9].
L'homologie de séquence est d'au moins 91 % entre isolats
d'un même génotype ; elle est de 79 % (77-80 %) entre
sous-types et de 68 % environ (66-69 %) entre différents
génotypes. La nomenclature des types correspond aux six
branches majoritaires de l'arbre phylogénique numérotées
de 1 à 6. Les sous-types sont désignés par
des lettres, a, b, c... correspondant aux sous-embranchements,
et ceci dans l'ordre chronologique de leur découverte (figure
2).
Une controverse est née à propos des « types
asiatiques ». Certains auteurs avaient classé provisoirement
des nouveaux isolats en types 7, 8, 9, 10 et 11 [10]. D'autres,
tels Simmonds et al., rattachent ces nouveaux isolats aux
sous-types du groupe 6 [11]. Ces derniers auteurs sont à
l'origine d'un comité international de taxonomie des séquences
du VHC, dont un des rôles est la classification des séquences
nouvellement décrites afin d'éviter les appellations
« sauvages » [8].
Les facteurs liés à la variabilité génétique du VHC
Le VHC est doué d'une variabilité
génétique extrêmement importante. Celle-ci
est en partie responsable de la persistance virale et donc de
la chronicité de la maladie, et d'un échappement
immunologique, thérapeutique et vaccinal du virus.
La variabilité génomique du VHC se caractérise
à l'échelle du patient individuel par une hétérogénéité
des populations virales dérivant d'une même souche
originelle, hétérogénéité dont
le degré varie au cours du temps, aboutissant au concept
de quasi-espèces [12, 13].
Deux niveaux peuvent être individualisés : la complexité
génétique d'une part, définie par le nombre
de variants moléculaires existant au sein d'une population
dite quasi espèce et la diversité génétique
d'autre part, définie par la distance phylogénique
entre variants moléculaires, et ce en prenant comme référence
un isolat donné. Cette variabilité est le résultat
de mutations génomiques ponctuelles ayant eu lieu lors
de la réplication virale et de l'absence d'un système
de corrections d'erreurs « proof-reading »
(activité 3'-5' exonucléasique) de l'ARN polymérase
virale [14].
De nombreux paramètres influencent cette variabilité
:
a) l'importance de la production de virus, environ 2.107 virions
par jour, entraînant un renouvellement important du VHC
et des cellules infectées [15] ;
b) le taux de mutation du génome, 1,44. 10- 3 nucléotides
par site et par an pour le génome entier et 2,1.10- 3 pour
les régions hypervariables E2/NS1 [16] ;
c) l'importance de la population virale, entre 109 et 1012 génomes
;
d) le « fitness », c'est-à-dire le pouvoir
mutagène propre à chaque souche virale.
De plus ces mutations sont accentuées par la pression plus
ou moins importante du système immunitaire de l'hôte,
et par l'action de l'interféron lui-même sur les
régions hypervariables, le tout aboutissant à la
sélection d'un virus plus « adapté »
à l'hôte [17].
Méthodes actuelles de typage du VHC
Conditions de conservation
Comme pour la détection ou la quantification de l'ARN du VHC, le génotypage impose d'effectuer au préalable une transcription inverse et amplification génique. De ce fait des précautions de prélèvement et de conservation sont nécessaires afin de préserver au mieux l'intégralité du génome viral. Ainsi, l'échantillon à analyser doit être centrifugé rapidement (moins de deux heures) sur tube sec (avec séparateur) après le prélèvement. Le sérum ainsi séparé des éléments figurés doit être aliquoté et congelé, idéalement à - 80 °C [18]. Pour le sérotypage, en revanche, les conditions de conservation sont moins contraignantes puisque, détectant des anticorps dirigés contre certains épitopes du virus, une conservation à - 20 °C est suffisante.
Le génotypage
En l'absence de système de réplication
différentiel en culture cellulaire de tel ou tel type viral,
le typage reste le seul moyen d'identification de la souche virale
en cause. Les nombreuses méthodes de typage du VHC actuellement
réalisées sont comparées à la méthode
de référence qui est le séquençage.
On distingue d'une part les méthodes basées sur
la détection d'acides nucléiques viraux telles la
RFLP (restriction fragment lenght polymorphism), la PCR
spécifique de type et l'hybridation inverse avec des sondes
spécifiques, et d'autre part des méthodes de sérotypage,
basées sur une détection d'anticorps sériques
dirigés contre des épitopes spécifiques sans
amplification génique préalable.
Ces méthodes, en dehors du séquençage, sont
plus ou moins informatives quant aux nombres de types ou sous-types
mis en évidence. Elles présentent l'inconvénient
majeur d'être « statiques », c'est-à-dire
de nécessiter de connaître au préalable la
séquence des génotypes à déterminer
et doivent donc constamment s'adapter à l'identification
incessante de nouveaux isolats viraux.
Le séquençage
Le séquençage est la technique de référence puisqu'elle consiste en une analyse réelle de la séquence de la souche donnée. Elle peut de ce fait mettre en évidence tous les nouveaux types ou sous-types. Le séquençage des acides nucléiques a été effectué dans différentes régions du génome viral, les régions NS5 B, E1 et la région de la capside servant de référence à la construction des arbres phylogéniques permettant de classer les isolats en types et sous-types [17]. La région 5'NC du génome, région la plus conservée entre les différents génotypes, représente une cible attractive pour les méthodes de génotypage pour au moins deux raisons. La première est un fort polymorphisme (plus de 37 mutations) permettant de classer les différents types et sous-types de 1 à 6. En second lieu cette région étant également amplifiée dans le test diagnostique de RT-PCR, le produit d'amplification peut donc servir pour le génotypage. Les limites à l'utilisation de cette région sont la faible discrimination de certains sous-types : 1a et 1b dans 5 % à 10 % des cas [4], 2a et 2c, le génotype 1 et les différents sous-types 6, et les différents sous-types 6, entre eux. Les séquences identifiées sont comparées aux séquences enregistrées dans les différentes banques de données.
La PCR spécifique de type
Cette technique, initialement décrite par Okamoto et al. [19], consiste en une amplification du gène codant pour la région de la capside du VHC au moyen de plusieurs couples d'amorces nucléotidiques spécifiques de types ou de sous-types. Pour chacun des couples, une seule des amorces est spécifique de type, l'autre est universelle, pouvant amplifier tous les types du VHC. Cette méthode, bien que simple de réalisation, présente beaucoup d'inconvénients : nécessité de réaliser une amplification par sous-type, absence d'amorces spécifiques des types autres que les 1a, 1b, 2a, 2b et 3a, surestimation du nombre d'infections à génotypes multiples et enfin interprétation délicate. On tend à abandonner cette technique.
L'étude du polymorphisme de restriction (RFLP)
Cette technique, décrite par Simmonds et al. [11], consiste à réaliser une amplification d'une région donnée du génome du VHC, le plus souvent les régions 5' non codante et NS 5, puis à effectuer une coupure des produits d'amplification à l'aide de plusieurs enzymes de restriction. Le choix approprié de ces combinaisons d'enzymes permet d'obtenir un polymorphisme de restriction caractéristique de types ou de sous-types. Cette technique qui permet actuellement de différencier dans plus de 84 % des cas une grande partie des sous-types du VHC est peu onéreuse mais requiert une bonne expérience en biologie moléculaire des laboratoires qui la pratiquent [20].
L'hybridation inverse
Cette technique décrite initialement par Stuyver et al. [21] a été la première commercialisée (firme Innogenetics). Elle consiste en une amplification de la région 5' non codante du VHC, puis en une hybridation des produits d'amplification à des sondes nucléotidiques spécifiques des différents types et sous-types (principe de l'hybridation inverse). Ces sondes sont soit immobilisées sur bandelette de nitrocellulose (technique InnoLipa HCV, Innogenetics), soit fixées dans les puits d'une microplaque (technique Amplicis HCV, CisBio ; GenEtiK DEIA, Sorin Biomedica). L'hybridation est ensuite révélée par une méthode colorimétrique enzymatique. Ces techniques, en particulier la technique InnoLipa HCV, sont de réalisation simple, utilisables sur le produit de RT-PCR ayant servi au diagnostic tel le produit Amplicor® (Roche) et sont très informatives pour la détermination des types et sous-types dans près de 96 % des cas (hormis les sous-types asiatiques). Elles permettent en effet de distinguer les types et sous-types 1a et 1b, 2a/2c, 2b, 3a, 3b, 4, 5a et 6. Elles présentent deux inconvénients : leur prix relativement élevé, et leurs limites dues au choix de la région amplifiée (5'non codante) [22].
Le sérotypage
Ces méthodes sont basées sur une détection d'anticorps contre des épitopes spécifiques sans amplification génique préalable. Elles recourent à des procédés simples tels des tests de type Elisa ou immunoblot, utilisant des anticorps dirigés contre des épitopes spécifiques des différents types. Deux trousses sont commercialisées : la trousse Murex (HCV Serotyping assay, Murex diagnostic) qui permet de déterminer les types de 1 à 6 [23], et la trousse Ortho (Riba HCV Serotyping assay) les types de 1 à 3. Ces techniques présentent pour l'instant des inconvénients majeurs : un manque de sensibilité (10 % à 25 % des sérums ne sont pas typables) [24], l'impossibilité d'identifier les sous-types du VHC, et surtout des réactivités croisées entre génotypes à l'origine de résultats discordants dans la comparaison au génotype déterminé par séquençage. Cependant, leur faible coût, leur simplicité d'utilisation et la possibilité de typer des sérums ayant subi une rupture de la chaîne du froid font leur intérêt. Il faudrait améliorer leur spécificité et leur sensibilité pour permettre leur utilisation en pratique courante.
Comparaison des méthodes de typage
Une comparaison (avantages/inconvénients) des différentes méthodes de typage du VHC avec la méthode du séquençage [20] est illustrée par le tableau 1. Une autre comparaison peut également être effectuée entre méthodes de génotypage en différenciant : les méthodes rapides utilisant la région 5' non codante et donc le produit d'amplification issu de la RT-PCR de dépistage, et les méthodes « lentes » utilisant d'autres régions du génome (capside, E1, NS5) et nécessitant une amplification spécifique de ces régions (figure 3).
Problème posé par les infections à génotypes multiples
L'existence d'une co-infection par deux ou plusieurs génotypes a été décrite [4], en particulier chez les hémophiles. La difficulté à déterminer correctement ces génotypes multiples est d'ordre technique. En effet, les différentes méthodes précitées n'ont pas toutes la même sensibilité et certaines, comme la PCR spécifique de type, ont tendance à majorer le pourcentage de génotypes multiples trouvés.
Limites du typage
Un des principaux problèmes des méthodes de typage est celui des recombinaisons existant entre virus. Ce phénomène des recombinaisons entre virus est fréquent chez de nombreux virus à ARN tel le VIH. Il est difficile de classer un virus C ayant une séquence de type 1a en une partie de son génome et de type 2 en une autre partie. Il paraît impossible, en routine, de séquençer le génome entier du VHC pour chaque patient afin de déterminer son génotype exact [4].
Conséquences de la variabilité génétique du VHC sur la valeur des tests diagnostiques
On dispose de peu de données sur l'influence
des variations de séquences nucléotidiques des différents
génotypes sur la spécificité des tests de
dépistage des anticorps dirigés contre le VHC. Les
tests de troisième génération utilisés
actuellement sont basés sur différents épitopes
codés par le virus de type 1a. Cependant cette réactivité
est dépendante du génotype. L'hétérogénéité
des gènes NS3-NS4 explique une détection incomplète
des protéines C-100 et 5-1-1 chez des patients infectés
par des génotypes du VHC autres que le génotype
1. En revanche, bien que le gène NS3 présente certaines
variations, aucune différence concernant la protéine
C-33 n'a été observée parmi différents
isolats. Il en est de même pour la protéine C-22
; un travail sur 52 isolats de type 1 à 6 [18] montre que
celle-ci est hautement conservée quel que soit le génotype.
Les futurs tests de dépistage devront toutefois prendre
en considération cette diversité antigénique
en incluant des protéines conservées par tous les
types et devront également s'adapter à la découverte
de nouveaux isolats dans certaines populations ou régions
géographiques [4, 20].
Il en est de même pour les tests de biologie moléculaire
quantifiant la virémie C. Sont-ils tous indépendants
du génotype ? Un travail récent a démontré
que la version initiale du test de l'ADN branché sous-évaluait
la quantité d'ARN viral circulant pour le génotype
2 par un facteur 3 et pour le génotype 3 par un facteur
2 [25].
Épidémiologie Répartition géographique
Histoire épidémiologique des génotypes du VHC
L'histoire épidémiologique des génotypes du VHC est basée sur la détermination du taux de changement de séquence nucléotidique du VHC en fonction du temps (horloge moléculaire). Il a été possible de calculer le moment précis de divergence entre les différents types et sous-types. Les souches virales ont divergé à partir d'un ancêtre commun, il y a 120 ans environ, aboutissant à l'individualisation des génotypes majeurs. Puis 30 à 40 ans après, une deuxième sous-division a abouti à la différenciation entre sous-types et ainsi de suite pour les variants d'un même sous-type, ceci dans des zones géographiques précises à travers le monde : par exemple, la souche HCV-BK a divergé de la souche J, toutes deux de génotype 1b, il y a 30 ans au Japon. Ceci suggère que l'hépatite C est, chez l'homme, une infection récente ayant une évolution historique relativement courte comparativement à celle d'autres virus humains [4].
Répartition géographique
Le VHC est ubiquitaire. Le brassage de ses
différents génotypes est dû à l'essor
des voyages et des communications ainsi qu'au développement
de la toxicomanie, des transfusions sanguines et du commerce des
produits sanguins. La répartition des génotypes
est fonction des populations étudiées et des différentes
régions du globe. Ainsi les génotypes 1, 2 et 3
sont responsables de la majorité des hépatites en
Europe de l'Ouest, aux États-Unis et au Japon [26-28].
Il existe par contre des caractéristiques génotypiques
propres à certains continents. Ainsi le génotype
4 est très fréquent en Afrique centrale [29], en
Afrique du Nord et au Moyen-Orient (Égypte) [26]. Le génotype
5 prédomine en Afrique du Sud. Le génotype 6 [11]
ainsi que de nombreux variants sont présents dans le Sud-Est
asiatique (Inde, Hong Kong, Vietnam). Le génotype 3 [30]
avec de nombreux sous-types de 3a à 3f est particulièrement
fréquent en Inde (figure 4).
Dans une même région, la répartition des génotypes
est fonction des populations étudiées. Le tableau
2 illustre la prévalence des principaux génotypes
rencontrés en France dans différentes populations
infectées par le VHC : les donneurs de sang [31] les transfusés
[32], les toxicomanes [32], les hémophiles [33] et les
hémodialysés [34]. Le génotype 1b prédomine
chez les transfusés et le génotype 3a chez les toxicomanes.
Dans notre expérience chez 141 patients, le sous-type 1b
est majoritaire (37 %) et ce particulièrement chez les
patients contaminés par transfusion. Les sous-types 1a
et 3a (respectivement 23 % et 24 %) sont également fréquents.
Le sous-type 3a est majoritaire chez les toxicomanes. Les types
2 (10 %), 4 et 5 (3 % chacun) sont minoritaires.
Par ailleurs, on observe en France une modification de prévalence
des génotypes dans le temps, associant une diminution du
génotype 1b et une augmentation du génotype 3a.
Cela s'explique par la modification des modes de transmission
du virus avec une diminution de la contamination transfusionnelle
et une augmentation de la contamination par toxicomanie intraveineuse
[35]. Ainsi, en France, le génotype 1b est autochtone et
le génotype 3a importé. Ce dernier, endémique
dans le sous-continent indien, a vraisemblablement envahi l'Europe
par l'intermédiaire des jeunes « hippies »
européens des années 1970 qui, à leur retour
d'Inde, ont propagé ce génotype par l'échange
de seringues contaminées [32]. Par contre, ce génotype
3a est très faiblement représenté aux États-Unis
[36].
Rôle du génotypage comme traceur épidémiologique
L'étude du génotype constitue un des moyens de surveillance de la migration des populations et du commerce de produits sanguins entre régions [20]. En revanche elle est trop grossière pour l'analyse des modes de transmission entre individus. Seule la mise en évidence de liens phylogéniques entre souches virales permet d'établir une transmission sexuelle, nosocomiale [37] ou mère-enfant. Cette même étude des liens phylogéniques des séquences nucléotidiques est utilisée lors d'investigations médico-légales [20].
Implications cliniques et thérapeutiques
Histoire naturelle
L'histoire naturelle de l'hépatite C
est-elle différente en fonction du génotype ? La
comparaison entre l'expression clinique de la maladie des différents
génotypes est pour l'instant limitée aux types 1a,
1b, 2a, 2b, 3a et 4. Chez les patients asymptomatiques, le génotype
1b est plus souvent associé à des pertubations du
bilan hépatique que le génotype 2, mais le risque
relatif de développer une hépatite chronique semble
identique [38]. De nombreux travaux ont porté sur le rôle
pathogénique du génotype 1b. Pour certains, celui-ci
n'est pas associé à une gravité particulière
de la maladie [28, 39]. Pour d'autres, le génotype 1b est
associé à une maladie plus sévère
[40-42]. Le génotype 1b semble plus fréquent chez
les malades ayant une cirrhose ou un carcinome hépatocellulaire
(CHC) [43, 44]. Une étude japonaise a ainsi montré
que les patients de génotype 1b présentent un risque
de développer un CHC 3,8 fois [1-13, 9] plus grand que
les patients de génotype 2a et cela indépendamment
de l'âge des sujets [44]. De même, une étude
italienne a montré que le génotype 1b était
plus fréquent parmi les patients cirrhotiques atteints
de CHC, et que l'âge moyen des patients de génotype
1b avec CHC était inférieur à celui des patients
de génotype non-1b atteints de CHC [43]. Enfin, une forte
prévalence de génotype 1b est observée parmi
les patients développant un CHC en l'absence de cirrhose
[45].
En l'absence de système de culture cellulaire du virus
in vitro, la transplantation hépatique peut constituer
un modèle pour l'étude du pouvoir pathogène
des différents génotypes. Ainsi le génotype
1b entraîne plus fréquemment une hépatite
aiguë ou chronique après transplantation que les autres
génotypes, et les hépatites aiguës sont moins
souvent résolutives [46].
Il est possible que le pouvoir pathogène plus marqué
du génotype 1b ne soit que l'expression d'une contamination
plus ancienne comme le suggère l'étude de Nousbaum
et al. [42]. Cependant la survenue plus précoce
du CHC chez les patients cirrhotiques infectés par le génotype
1b que chez ceux infectés par un génotype différent
[43], et la sévérité des lésions induites
après transplantation hépatique mettent cette hypothèse
en question.
La co-infection par le virus G ne semble pas modifier l'hépatite
chronique C, et ce quel que soit le génotype.
Manifestations extra-hépatiques et génotypes
Les manifestations extra-hépatiques sont fréquentes au cours des infections chroniques par le VHC. Elles comprennent la porphyrie cutanée tardive, la cryoglobulinémie mixte, le lichen plan, les sialadénites lymphocytaires et les hépatites auto-immunes de type II. Aucun génotype particulier ne semble favoriser la survenue de ces manifestations. Cependant, chez les patients porteurs d'une cryoglobulinémie mixte, la sévérité des lésions hépatiques et la survenue de neuropathie périphérique semblent plus fréquentes chez les patients porteurs du génotype 1b [47].
Rôle du génotype dans le traitement des hépatites chroniques
Parmi les facteurs prédictifs de réponse
au traitement par interféron, deux semblent importants
: l'importance de la virémie et le génotype. Ces
deux facteurs semblent indépendants.
Toutes les études ont montré que le génotype
1b est associé à un taux de réponse à
l'interféron plus faible que les autres génotypes,
en particulier le 2 et le 3 [48, 49]. Chez des malades ayant un
génotype 1b, une réponse prolongée est observée
dans moins de 10 % des cas [49]. Le génotype 4 semble,
comme le génotype 1, associé à une mauvaise
réponse à l'interféron [35].
Les mécanismes par lesquels le génotype influence
la réponse thérapeutique sont inconnus. Il est possible
que le faible pourcentage de réponse associé au
génotype 1b soit lié à l'âge plus avancé
des patients, à une durée plus longue de la maladie,
ou à des modes de contamination différents par comparaison
aux individus infectés par le génotype 3a [4] (figure
5). Il est possible, mais non démontré, que
le faible pourcentage de réponse soit lié à
une hétérogénéité génétique
du génotype 1b plus importante que dans les autres génotypes.
La charge virale ne permet pas d'expliquer la différence
de réponse à l'interféron existant entre
les génotypes. Une étude récente a montré
que les niveaux de virémie étaient similaires chez
des individus infectés par des génotypes différents
[20].
Implication de la variabilité génétique du VHC sur la réponse vaccinale
Un des nombreux problèmes posés par la variabilité génétique du VHC et par son ubiquité est celui de la mise au point d'un vaccin. Celui-ci doit être impérativement multivalent, couvrant le maximum d'épitopes de la région HVR1 des différents génotypes de l'enveloppe, cible des anticorps neutralisants [50]. Les premiers essais de vaccination ont donné des résultats encourageants, entraînant une protection chez 5 chimpanzés sur 7 avec l'isolat ayant servi à l'élaboration du vaccin.
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CONCLUSION
Haut de page
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Les conséquences de la variabilité génétique
du VHC sont nombreuses sur le plan clinique, diagnostique et thérapeutique.
La plus importante étant indiscutablement le faible taux
de réponse à l'interféron associé
au génotype 1b. En pratique nous aurions donc tendance
: a) à traiter par interféron, à la dose
recommandée par l'AMM, uniquement les patients non-1b ;
b) à inclure les patients infectés par le génotype
1b, surtout en cas de forte virémie, dans des protocoles
évaluant des doses plus importantes ; ou c) à différer
le traitement, surtout en cas de lésions histologiques
minimes dans l'attente des résultats des études
en cours sur les combinaisons thérapeutiques. Cette attitude
nous semble justifiée par le fait qu'après un échec
à un premier traitement, il y a sélection d'une
ou plusieurs quasi-espèces résistantes à
l'interféron qui seront plus difficiles à éradiquer
[51].
En ce qui concerne la place du sérotypage par rapport au
génotypage, elle nous semble actuellement limitée
par la fréquence supérieure à 10 % des cas
de discordance avec le résultat du génotypage, par
la fréquence de 10 % des cas non sérotypables, et
par l'incapacité à distinguer les sous-types du
VHC. Il faudrait que la spécificité et la sensibilité
de ces méthodes soient améliorées pour permettre
leur utilisation en pratique courante.
Un certain nombre de réponses seront sans doute apportées
par l'avènement prochain des systèmes de culture
des différents types de VHC in vitro.
Remerciements
Nous remercions Hacéne Khiri et Jean-Philippe Alimi (laboratoire Alphabio) pour leur aide iconographique.
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